โรงเรียนคณะราษฎรบำรุง 2 เดิมคือโรงเรียนคณะราษฎรบำรุง จังหวัดยะลา (สาขา) ซึ่งทำการเรียนการสอนอยู่ที่โรงเรียนบ้านพร่อน ตำบลพร่อน อำเภอเมือง จังหวัดยะลา ซึ่งอนุญาตให้ใช้อาคารเรียนในขณะนั้นโดยเริ่มรับนักเรียนในปีการศึกษา 2534 เป็นปีแรก มีนักเรียน 2 ห้องเรียน จำนวน 70 คน มีนายวาสน์ บุญสุวรรณ เป็นผู้ประสานงาน และนายสุพล พรหมทองนุ้ย เป็นผู้ช่วยประสานงานเป็นการภายใน

  นับตั้งแต่ปีการศึกษา 2534 - 2538 นายวาสน์ บุญสุวรรณและคณะได้ดำเนินการหาสถานที่เพื่อทำการก่อตั้งโรงเรียน แต่เนื่องจากที่ดินราชพัสดุต่าง ๆ ที่ต้องการ หน่วยงานราชการที่ครอบครองอยู่ก่อนแล้วไม่สามารถอนุญาตให้แก่โรงเรียนคณะราษฎรบำรุง จังหวัดยะลาได้ เนื่องจากมีความจำเป็นต้องใช้อยู่ ดังนั้น เมื่อโรงเรียนบ้านพร่อน ตำบลพร่อน อำเภอเมือง จังหวัดยะลา มีจำนวนนักเรียนชั้นประถมศึกษาเพิ่มขึ้น จึงทำให้สถานที่เรียนของโรงเรียนคณะราษฎรบำรุง จังหวัดยะลา (สาขา) คับแคบนักเรียนต้องได้รับความลำบากต้องทนต่อสภาพบรรยากาศที่ร้อนระอุอยู่ภายใต้หลังคาสังกะสี ผู้ประสานงานจึงหารือกับทางฝ่ายบริหารโรงเรียนคณะราษฎรบำรุง จังหวัดยะลา (นายสถิต อุทัย) ซึ่งปัจจุบันเกษียณอายุราชการแล้ว และได้รับความเห็นชอบให้นำนักเรียนทั้งหมดกลับมาอาศัยเรียนที่โรงเรียนคณะราษฎรบำรุง จังหวัดยะลา โดยได้รับการช่วยเหลือจากนายกเทศบาลเมืองยะลา (นายยรรยง อุทัย) บริจาคเงินช่วยกั้นห้องเรียนชั่วคราวใต้อาคาร 12 เป็นเงิน 100,000 บาท

  หลังจากนั้นได้รับทราบจากสภาตำบลยุโปว่า มีที่ดินสาธารณประโยชน์อยู่ที่บ้านบาโง จำนวนหลายร้อยไร่จึงมีคณะทำงานเดินทางไปสำรวจ ปรากฏว่าเป็นพื้นที่ที่เหมาะในการสร้างสถานศึกษามากเพราะเป็นที่ราบค่อนข้างลุ่มบางส่วนน้ำท่วมถึง ในอนาคตเป็นที่ดินซึ่งทางหลวงแผ่นดินจะจัดสร้างสะพานข้ามแม่น้ำและถนนมาตรฐานกว้าง 7 เมตร ผ่านหน้าโรงเรียน (ข้อมูลของกรมโยธาธิการ) และเป็นเส้นตัดใหม่จากอำเภอหนองจิก ถึงเมืองใหม่ จังหวัดยะลา คณะทำงานชุดดังกล่าวเห็นข้อมูลชัดเจนอย่างนั้น จึงได้นำเสนอสำนักงานสามัญศึกษาจังหวัดยะลา เพื่อขออนุญาตจัดตั้งโรงเรียนตามขั้นตอนต่อไป

  อนึ่ง ในปลายปีการศึกษา 2538 นายวาสน์ บุญสุวรรณ ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนลำพะยาประชานุเคราะห์ กรมสามัญศึกษา ได้แต่งตั้งให้นับนายบุญรอด สุขวารี ดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนคณะราษฎรบำรุง 2 ต่อมาได้นำนายวิรัช บุญนำ ผู้อำนวยการกองแผนงานกรมสามัญศึกษาและคณะเข้าสำรวจพื้นที่ร่วมกับสำนักงานสามัญศึกษาจังหวัดยะลา เจ้าพนักงานที่ดินจังหวัดยะลาและเจ้าหน้าที่จากองค์การบริหารส่วนตำบล ภายใต้การนำชี้เขตกำหนดของผู้ใหญ่บ้านและชาวบ้าน ซึ่งมีความต้องการให้โรงเรียนได้ก่อสร้างขึ้นในพื้นที่แห่งนี้ มีเนื้อที่ทั้งหมด 33-8-82 ไร่ และกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศตั้งเมื่อวันที่ 30 เมษายน 2539 ตั้งชื่อว่า "โรงเรียนคณะราษฎรบำรุง 2"

  นายบุญรอด สุขวารี ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ มีครู อาจารย์ และบุคลากร จำนวน 33 คน มีนักเรียน 12 ห้องเรียน จำนวน 564 คน ตั้งสำนักงานชั่วคราวอยู่ที่อาคารคณะราษฎร์สัมพันธ์และอาศัยห้องเรียนและพื้นที่บางส่วนของโรงเรียนคณะราษฎรบำรุง จังหวัดยะลา จนกว่าอาคารชั่วคราว 10 หลัง และอาคาร 318 ล/38 (พิเศษ) 1 หลัง ซึ่งกำลังก่อสร้าง ซึ่งได้จัดสร้างตามงบประมาณ พ.ศ. 2540 - 2543 ได้ก่อสร้างแล้วเสร็จ

  ในวันที่ 14 พฤษภาคม พ.ศ.2541 ได้ย้ายมาอยู่ ณ ที่อยู่ในปัจจุบัน โดยขอใช้ที่สาธารณะประโยชน์ของจังหวัดยะลามีเนื้อที่ 33 ไร่ 3 งาน 82 ตารางวา 

    ในปีการศึกษา 2543 เปิดสอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลายเป็นปีแรก

  นับตั้งแต่ก่อตั้งโรงเรียนคณะราษฎรบำรุง ๒ มามีผู้บริหารโรงเรียน รวม 7 คน มีรายนามดังต่อไปนี้

ชื่อ-สกุล ตำแหน่ง ดำรงตำแหน่ง

1.นายบุญรอด  สุขวารี ผู้อำนวยการ ระดับ 8 พ.ศ.2539 – พ.ศ.2545

2.นายธนู  นูนน้อย ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ    พ.ศ.2545 – พ.ศ.2548

3.นายวิษณุ  จันทร์แจ้ง ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ    พ.ศ.2549 - พ.ศ.2554

4.นายพูดม  ป.ปาน รองผู้อำนวยการ คศ.2 ชำนาญการ     (รักษาราชการแทน) พ.ศ.2554 – พ.ศ.2555

5.นายเชยศักดิ์  โชติวรรณวิรัช ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ    พ.ศ.2555 – พ.ศ.2557

6.นางสาวจิรพรรณ  ไชยโยธา ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ    พ.ศ.2557 – พ.ศ.2561

7.นายอิสะมะแอ  มะเระ           ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ    พ.ศ. 2561 – พ.ศ.2563

8.นายเริงชัย ปรังเจะ ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ พ.ศ. 2563 – พ.ศ.2566

9.นางสาวเพริศพิศ คูหามุข ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ  พ.ศ. 2566 – ปัจจุบัน