โรงเรียนคณะราษฎรบำรุง ๒ อำเภอเมืองยะลาจังหวัดยะลาเดิมเป็นโรงเรียนสาขาของโรงเรียนคณะราษฎรบำรุงจังหวัดยะลาซึ่งจัดการเรียนการสอนระดับมัธยมศึกษาตอนต้นทำการสอนอยู่ที่โรงเรียนบ้านพร่อน เมื่อปีการศึกษา 2534 โดยมีนายวาสน์ บุญสุวรรณ เป็นผู้ประสานงาน ต่อมาในปีการศึกษา 2538 ได้ย้ายกลับมาเรียนรวมกับโรงเรียนคณะราษฎรบำรุง จังหวัดยะลาอีกครั้งหนึ่ง เนื่องจากไม่สามารถหาที่ดินก่อสร้างอาคารเรียนได้ในวันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2539 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนคณะราษฎรบำรุง ๒ โดยกรมสามัญศึกษาแต่งตั้งนายบุญรอด  สุขวารี  ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนคณะราษฎรบำรุง จังหวัดยะลา เป็นครูใหญ่คนแรก และในวันที่ 14 พฤษภาคม พ.ศ.2541 ได้ย้ายมาอยู่  ณ ที่อยู่ในปัจจุบันโดยขอใช้ที่สาธารณะประโยชน์ของจังหวัดยะลามีเนื้อที่ 33 ไร่ 3 งาน 82 ตารางวา  ในปีการศึกษา 2543 เปิดสอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลายเป็นปีแรก

นับตั้งแต่ก่อตั้งโรงเรียนคณะราษฎรบำรุง ๒ มามีผู้บริหารโรงเรียน รวม 7 คนมีรายนามดังต่อไปนี้

ชื่อ-สกุล ตำแหน่ง ดำรงตำแหน่ง

1.นายบุญรอด  สุขวารี ผู้อำนวยการ ระดับ 8 พ.ศ.2539 – พ.ศ.2545

2.นายธนู  นูนน้อย ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ    พ.ศ.2545 – พ.ศ.2548

3.นายวิษณุ  จันทร์แจ้ง ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ    พ.ศ.2549 - พ.ศ.2554

4.นายพูดม  ป.ปาน รองผู้อำนวยการ คศ.2 ชำนาญการ     (รักษาราชการแทน) พ.ศ.2554 – พ.ศ.2555

5.นายเชยศักดิ์  โชติวรรณวิรัช ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ    พ.ศ.2555 – พ.ศ.2557

6.นางสาวจิรพรรณ  ไชยโยธา ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ    พ.ศ.2557 – พ.ศ.2561

7.นายอิสะมะแอ  มะเระ           ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ    พ.ศ. 2561 – พ.ศ.2563

8.นายเริงชัย ปรังเจะ ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ พ.ศ. 2563 – พ.ศ.2566

9.นางสาวเพริศพิศ คูหามุข ผู้อำนวยการ คศ.3 ชำนาญการพิเศษ  พ.ศ. 2566 – ปัจจุบัน